等位基因（英语：allele），又称对偶基因，是染色体内的基因座的可以复制的DNA串行，其在细胞有丝分裂时的染色体上的两个基因座是对应排列的，故在早期细胞遗传学里称其为等位。

在一个生物体里，某个基因的基因型是由该基因所拥有的一对等位基因所决定。例如在人和其他二倍体生物，也就是每条染色体都有两套的生物，其等位基因的两个位点决定了该基因的基因型。等位基因两个位点来自父辈和母辈的遗传，其基因型决定了生物的表现型。 生物的表现型由一对等位基因的一个位点决定的，称显性基因；而由两个位点决定的，则称为隐性基因。例如等位基因一个位点的突变，可产生癌基因，而两个位点的突变或丢失，则可导致肿瘤抑制基因，或抑癌基因的突变。这些基因的改变是肿瘤发生的分子基础。

An allele (UK /ˈæliːl/ or US /əˈliːl/), or allel, is one of a number of alternative forms of the same gene or same genetic locus. Sometimes, different alleles can result in different observable phenotypic traits, such as different pigmentation. However, most genetic variations result in little or no observable variation.