?前间隔序列

最常用的Cas9直系同源物SpCas9利用了在5′末端包含20个核苷酸(nt)与靶DNA位点“前间隔序列”（ protospacer）区域互补的crRNA。 crRNA和tracrRNA通常结合成大约100-nt的单导向RNA (gRNA)，指导SpCas9的DNA切割活性。

?前间区序列

事实上，在噬菌体、质粒中发现了一些称为前间区序列 (protospacer)的序列，并且在其附近鉴定出一些小的前间区序列邻近基序(protospacer adjacent motifs，PAMs)。